15 Kasım 2003 sabah saatlerinde İstanbul’da arka arkaya iki intihar saldırısı meydana geldi. İlk patlama saat 09.14’te Kuledibi Neve Şalom Sinagogu önünde yaşandı. İki dakika sonra 09.16’da Şişli Beth İsrael Sinagogu önünde bir patlama daha meydana geldi.

Patlamalar sonucunda çoğunluğu o anda tesadüfen sokakta bulunanlardan 27 kişi yaşamını kaybetti, 669 kişi yaralandı. Şişli’deki Beth İsrael Sinagogu’ndaki patlama 55 binanın hasar görmesine, 21 otomobilin tahrip olmasına yol açtı. Beyoğlu’nda bulunan Neve Şalom Sinagogu’ndaki patlamada ise 20 binada çok ciddi hasar meydana geldi; 30 otomobil zarar gördü. Daha önce iki kez saldırı düzenlenen sinagogun duvarları güçlendirildiği için içerdeki 300 kişiden ölen olmadı. Patlamanın olduğu yerde üç metre çapında, iki metre derinliğinde bir çukur oluştu.

El Kaide örgütü, sinagog saldırılarından iki gün sonra Londra’da yayımlanan bir Arap gazetesine gönderdiği e-mail ile saldırıları üstlendi ve başka saldırıların yapılacağını ima etti.

20 Kasım 2003’de İstanbul iki ayrı intihar saldırısı ile tekrar sarsıldı. Saat 1055’de Levent’teki HSBC Türkiye Genel Merkezi ve 1100’da Beyoğlu’ndaki İngiliz Konsolosluğuna düzenlenen bombalı intihar saldırılarında 31 kişi öldü, 400’den fazla kişi yaralandı.

Olaylardan sonra yapılan inceleme, araştırma ve soruşturmalarda Türkiye’deki El Kaide örgütlenmesinin 11 Eylül öncesinde Afganistan kamplarında eğitim gören ve sonrasında ABD’nin muhtemel harekâtı nedeniyle Türkiye’ye dönerek yeni eylem ve örgüte militan kazandırma arayışlarına girenlerden oluştuğu tespit edildi. Türk el Kaidecileri çengel attıkları sempatizanları pikniklerde ve hücre evlerinde dinî eğitime tabi tutmuş, sürekli adres, kimlik ve telefon değiştirerek gizli kalmayı başarabilmişlerdi.

Militanlar, Afganistan’da olduğu süre içerisinde Usame Bin Ladin ve örgütün o zamanki askerî kanat sorumlusu olan Hafs El Mısri ile görüşmüşlerdi. Mısri, militanlara Türkiye’de Mersin limanına gelen İsrail yolcu gemilerine yönelik eylem yapılıp yapılamayacağını sormuş, militanlar bu teklife olumlu bakmışlar, eylem hazırlığı için destek istemeleri üzerine örgütten 60.000 dolar yardım almışlardı. Türk el Kaidecileri, eylem için hazırlıklara 2002 yılının ortalarında başladılar. Patlayıcı temini için önce taş ocağı açmayı veya kiralamayı düşünseler de, bürokratik işlemlerin fazlalığı nedeniyle vazgeçtiler. Daha sonra, patlayıcı yapımında kullanılan kimyasallara rahatça ulaşabilmek için deterjan firması açmaya karar verdiler ve gerekli tüm yasal gerekleri yerine getirerek deterjan dağıtım ve pazarlama şirketi kurdular.

Eylem hedefi olarak; İstinye’deki ABD konsolosluğu, İstanbul’daki İsrail Konsolosluğu, Beyoğlu’ndaki Neva Şalom Sinagog’u, Şişli’deki Beth İsrail Sinagog’u, Levent’teki HSBC Bank Türkiye Genel Müdürlüğü binası ve o dönemde Alanya ilçesine gelen İsrail yolcu gemileri belirlendi. Daha sonra Alanya saldırısı, kötü hava şartları nedeniyle gemilerin gelmemesi üzerine, ABD konsolosluğu koruma sisteminin etkinliği nedeniyle, bir plaza içindeki İsrail konsolosluğu ulaşılması imkânsız olduğundan iptal edildi. Dördüncü hedef olarak Beyoğlu’ndaki İngiliz Konsolosluğu listeye dahil edildi. Eylemin icra tarzı olarak, eş zamanlı olarak ikişer hedefe, birer hafta arayla bombalı intihar saldırısı düzenlenmesine karar verildi.

Hedeflerin belirlenmesinden sonra, bombalı araçlarda kullanılacak patlayıcılar Afganistan’da kendilerine öğretildiği gibi imal edildi ve 5 kg.lık tenekelere dolduruldu. Ateşleme mekanizmalarında ev yapımı fünyeler kullanıldı ve enerji kaynağı olarak araçların akülerine bağlantı yapılarak araç içine devre anahtarı yerleştirildi.

Bomba yüklü araçlar, birer nezaretçi militan tarafından daha önce kullanılmamış cep telefonlarıyla, militanların daha önce kararlaştırdığı şifreli konuşmalarla hedef bölgelerine yönlendirildi ve koordineli olarak eylemler gerçekleştirildi. İstanbul polisi birinci günkü patlamalardan sonra kısa sürede eylemcilerle ilgili bilgileri ele geçirdi ve o anda henüz bilinmeyen 5 gün sonraki saldırılar için intihar eylemcisi olarak görevlendirilen bir militanın evine baskın yaptı. Nezaretçi militanlar, yardım ve yataklık yapanlar yakalandı. Ele geçirilemeyen Türk El Kaidesinin lideri ise daha sonra Irak’ta bir çatışmada ABD kuvvetlerince ölü olarak ele geçirildi.